การเลือก ทำบัญชีด้วยมือ หรือ ทำบัญชีด้วยระบบคอมพิวเตอร์ ขึ้นอยู่กับปัจจัยหลายอย่าง เช่น ขนาดธุรกิจ งบประมาณ ความชำนาญของผู้ทำบัญชี และความซับซ้อนของข้อมูล แต่ละแบบมีข้อดีข้อเสียต่างกัน ดังนี้